L’Assemblea està personada com a acusació popular en el procediment d’instrucció que se segueix al Jutjat d’Instrucció 7 de Barcelona en la causa de les agressions de la Policia Nacional per les càrregues en 27 col·legis l’1 d’octubre de 2017. L’Assemblea, com a entitat promotora del referèndum d’autodeterminació, té un compromís amb la defensa de les persones agredides per la policia, i per això va acordar personar-se com a acusació popular, quan l’Ajuntament de Barcelona va ser expulsat de la causa. D’aquesta manera donem suport a les acusacions privades de moltes persones ferides i treballem perquè es condemni els responsables d’aquella agressió contra votants en el referèndum d’independència.

És un procediment complex amb 27 escoles de Barcelona afectades (com la Mediterrània, la Pau la Claris, l’Àgora o la Ramon Llull) i més de 300 denúncies de lesionats per les càrregues policials durant la jornada del referèndum. En total, hi ha una cinquantena d’agents i caps de grup de la Policia Nacional imputats, vuit dels quals són inspectors en cap.

El 20 de setembre de 2017, l’autoritat judicial acordà un registre al Departament d’Economia del Govern de la Generalitat, per impedir la celebració del referèndum d’autodeterminació de l’1 d’octubre. Diverses associacions, entre les quals l’Assemblea, van convocar una concentració de protesta davant l’edifici. A la manifestació no es van produir agressions físiques. L’únic perjudici foren danys materials en uns vehicles que la Guàrdia Civil havia deixat estacionats al carrer.

El 22 de setembre de 2017 la Fiscalia va denunciar Jordi Sànchez, com a president de l’Assemblea, i Jordi Cuixart, com a president d’Òmnium, acusant-los de sedició. El 16 d’octubre, citats com a investigats, s’acordà el seu ingrés a presó provisional. El judici tingué lloc al Tribunal Suprem entre els mesos de febrer i juny de 2019, i el 14 d’octubre de 2019 la sentència els condemnà per un delicte de sedició a nou anys de presó i inhabilitació absoluta.

Segons el Tribunal Suprem, la responsabilitat de Jordi Sànchez es devia a la seva condició de president de l’Assemblea i al seu lideratge en la manifestació del 20 de setembre de 2017. Se li atribueix, a més, haver donat suport als plans del govern per organitzar un referèndum i haver assistit a reunions de preparació del referèndum. S’esmenten manifestacions convocades per l’Assemblea en anys anteriors, tot i que es reconeix que foren pacífiques.

Contra aquesta sentència es va interposar sense èxit un incident de nul·litat d’actuacions davant del mateix Tribunal Suprem i, posteriorment, un recurs d’empara davant el Tribunal Constitucional. Aquest fou desestimat per una sentència de 2 de juny de 2021, amb el vot particular de dos magistrats, que consideraven que en la condemna per sedició de Jordi Sànchez s’havia vulnerat el seu dret a la legalitat penal en relació amb els seus drets a la llibertat personal, ideològica i de reunió.

El 20 de setembre de 2021 es va presentar la demanda per vulneració de drets humans davant el Tribunal Europeu de Drets Humans d’Estrasburg.

Durant la campanya electoral de les eleccions al Parlament de Catalunya del 14 de febrer de 2021, la Junta Electoral Provincial de Barcelona va prohibir a l’Assemblea organitzar concentracions en favor de les preses i els presos polítics al·legant que el seu contingut era indirectament electoral.

L’Assemblea va mantenir les concentracions en suport a les persones represaliades a tot el territori i va presentar quinze recursos a la Sala Contenciosa Administrativa del Tribunal Superior de Justícia de Catalunya (TSJC) contra els acords de la Junta Electoral Provincial de Barcelona, per vulneració del dret fonamental de reunió.

Al juliol del 2021 el TSJC va resoldre els recursos: va donar la raó en set casos a l’Assemblea i va desestimar el recurs de l’Assemblea en vuit. El més greu és que en tres casos el Tribunal considera per unanimitat que es pot prohibir el dret de reunió si no s’ha comunicat en el termini de deu dies fonamentant-se en una llei franquista (concretament la Llei 17/1976, reguladora del dret de reunió, que està derogada per la mateixa Constitució espanyola i expressament per la Llei orgànica 9/1983).

El pas següent serà presentar un recurs d’empara al Tribunal Constitucional.

Foment del Treball va demandar al juliol del 2019 l’Assemblea per la campanya de consum estratègic al Jutjat Mercantil núm. 11 de Barcelona, per una possible infracció de la Llei de competència deslleial. També va presentar una denúncia per vulneració de la competència a l’Autoritat Catalana de la Competència i a la Comisión Nacional de Mercados y de la Competencia.

El Jutjat Mercantil número 11 de Barcelona va estimar parcialment les mesures cautelars sol·licitades per Foment del Treball en la resolució del 20 de desembre de 2019. La interlocutòria imposava a l’Assemblea el tancament del web i la prohibició de fer cap mena d’acció pública de la campanya de consum estratègic.  Actualment s’està pendent de judici pel fons de la qüestió.

Pel que fa a les denúncies davant les autoritats administratives de defensa de la competència, el Tribunal Constitucional va resoldre en favor de l’Estat espanyol, i la Comisión Nacional de Mercados y de la Competencia va obrir un expedient administratiu sancionador contra l’Assemblea al desembre del 2020. En l’actualitat l’expedient està en fase d’instrucció.

El 15 d’octubre de 2018, una trentena de persones d’un teixit molt ample i divers de la societat civil va presentar un recurs d’empara, impulsat per l’Assemblea Nacional Catalana, al Tribunal Constitucional per la suspensió dels diputats processats del Parlament. El recurs es va presentar contra la interlocutòria del jutge Llarena del Tribunal Suprem del 9 de juliol de 2018, que suspenia les funcions de diversos diputats del Parlament.

Amb aquesta suspensió, contrària a la llei, es vulnera el dret dels ciutadans a participar en els afers públics directament o per mitjà de representants lliurement escollits en eleccions per sufragi universal, recollit a l’article 23.1 de la Constitució i al 25.a del Pacte internacional dels drets civils i polítics de les Nacions Unides.

De fet, aquest recurs és un pas previ imprescindible per poder arribar, finalment, al Comitè de Drets Humans de les Nacions Unides o al Tribunal Europeu dels Drets Humans d’Estrasburg.

La suspensió dels parlamentaris i la seva substitució per altres diputats, contrari al dret parlamentari, afecta la representació política que els han conferit els electors, afecta les majories parlamentàries i limita els drets exercits per la ciutadania a les eleccions del 21 de desembre de 2017. També afecta els drets a la llibertat personal, d’expressió i d’associació recollits en totes les normes de drets humans de la Constitució, d’Europa i de les Nacions Unides.